Ежегодно Совет директоров Фонда обьявляет о начале приема заявок на оказание благотворительной помощи в рамках очередного раунда. Сроки окончания приема заявок также назначаются и строго выполняются. Страны-соискатели предоставляют заявки, обосновывая необходимость выделения помощи, всесторонне оценивая потребность в финансах. Независимые технические эксперты, в состав которых входят специалисты здравоохранения, и Секретариат Фонда оценивают и отбирают поданные заявки на рассмотрение Совету Директоров. Обычно, этот процесс занимает до четырех месяцев. Так, в 2010 году срок окончания подачи заявок определен 20 августа, предположительный срок одобрения удачных заявок – декабрь 2010 года. Заявки финансируются на первичный срок два года и при условии достижения целей финансируемыми программами, сроки предоставления помощи продлеваются еще на три года.

Эксперты Фонда строго следят за целевым использованием средств и при малейшем подозрении в коррупции, как это было недавно в Зимбабве, сворачивают финансирование через государственные бюджеты. В таких случаях поддержка здравоохранения страны не прекращается, финансы, пусть и в меньшем количестве, направляются непосредственно получателям.